Desde 1996, Fescol, el Departamento Nacional de Planeación, el Ministerio del Medio Ambiente y el Ecofondo trabajan en propuestas de sistematización y capacitación para fortalecer la participación de la sociedad civil y sus representantes en la gestión ambiental. Como parte de dicha labor, se han realizado varios seminarios para capacitar a los representantes de las organizaciones de la sociedad civil en las juntas directivas de las corporaciones autónomas regionales.